Le but de l’organisation étant de dominer le monde et d’atteindre l’immortalité, chose qui peut se révéler compliquer. Au côté du Führer, se trouvait Johann Schmidt alias Crâne Rouge. Quittant l’Allemagne lors des conflits pour se réfugier au Japon, Crâne Rouge créa ainsi l’organisation d’Hydra. Mais le Shield commença à lutter contre Hydra, démarrant ainsi une bataille sans fin. Ce qui bien évidemment, énerva Johann, qui commençait à avoir des bâtons dans les roues qui menaient à son but ultime. Ils allèrent même jusqu'à infiltré le SHIELD pour le détruire de l'intérieur mais leur existence fut percé à jour.
De nombreuses autres personnes ont pris la tête de Hydra ou ont contribué à son ascension, comme le docteur Whitehall par exemple. Puis, récemment dans le monde réel, l’équipe de Grant Ward, devenu alors leader de l’organisation, a permis à Hive de retourner sur Terre, dans le corps de Grant, alors qu’il était prisonnier sur une autre planète. Hive, nouveau et dernier leader actuel d’Hydra, a changé de corps, délaissant celui de Ward et a créé le Framework grâce à une vision du futur qu’il a eue en arrivant sur Terre. Il a envoyé ses meilleurs agents, scientifiques etc, dans le Framework, afin d’éliminer définitivement, l’épine dans le pied, que représente l’organisation de Phil Coulson.
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